Seit der Wiedereinrichtung verfasster Studierendenschaften nach 1945 hat es in der Bundesrepublik verschiedene Ansätze zur studentischen Zusammenarbeit auf Bundesebene gegeben. Bereits 1949 gründeten westdeutsche Studierendenschaften in Marburg den „Verband Deutscher Studentenschaften” (VDS), der anfangs 50 Universitäten und Hochschulen mit Promotionsrecht umfasste. Nach der Umgründung 1975 sowie der Namenänderung in „Vereinigte Deutsche Studentenschaften (vds)” konnten nun auch die Studierendenschaften von Fachhochschulen dem Verband beitreten. Angesichts massiver interner Streitigkeiten und unterschiedlichen Flügelkämpfen zerbrach die vds Anfang 1990, ohne sich jedoch formal aufzulösen.
Zusammenbruch der VDS – Neubeginn und Gründung des fzs
Nach dem Zusammenbruch der VDS gab es mehrere erfolglose Versuche, einen neuen studentischen Dachverband auf die Beine zu stellen. Lediglich ein neu entstandener FH-Verband, die „Freie Konferenz von StudentInnenschaften an Fachhochschulen” (FKS), konnte eine arbeitsfähige Struktur aufbauen. Im Juni 1993 fand in Bonn ein „studentischer Bildungsgipfel” statt, der einen Gegenpol zu einem ebenfalls geplanten Gipfel von Bund und Ländern darstellen sollte. Im Rahmen dieses Gipfels wurde deutlich, dass „die Zusammenarbeit einer strukturierenden gemeinsamen Organisationsform“ bedürfte.
Im November 1993 wurde schließlich in Hürth bei Köln der fzs gegründet. In ihm ging die FKS auf; zugleich führte der fzs auch die Mitgliedschaft der FKS in der internationalen Studierendenorganisation, der IUS, fort.
In seinen ersten Jahren folgte die interne Struktur des fzs dem Prinzip „1 Hochschule – 1 Stimme”. Dies stieß insbesondere bei größeren ASten auf Ablehnung, die dieses Prinzip als undemokratisch und ungerecht kritisierten. Die Mitgliederzahlen des fzs stagnierten demnach bei ca. 65 Studierendenschaften, die zusammen etwa 650.000 Studierende (von ca. 1,8 Mio.) vertraten. Unter den Mitgliedern fanden sich zunächst (bis auf eine Ausnahme) auch keine ostdeutschen Studierendenschaften, da sich diese seit 1996 lose im „Ostdeutschen Studierendentreffen” (o.s.t.) organisiert hatten und den fzs als überstrukturiert und überpolitisiert ablehnten.
Verbandsreform und Wachstum des fzs
Ende der 1990er Jahre setzte innerhalb des fzs eine Reformdebatte ein, in deren Folge 2001 umfangreiche Reformen beschlossen wurden. Dabei wurde zum einen die Stimmstaffelung eingeführt (vgl. Kapitel 4), zum anderen stimmte die MV für ein neues Selbstverständnis des fzs. Demnach definiert sich der fzs nicht mehr als politischer Strömungsverband, sondern formuliert das Ziel und den Anspruch, als Dachverband die Interessen aller Studierenden vertreten zu wollen. Mit dieser Verbandsreform wuchs die Mitgliederzahl des fzs kontinuierlich. Nach dem Zusammenbruchs des o.s.t. traten auch die ersten Studierendenschaften aus den neuen Bundesländern dem fzs bei.
Weitere Reformen erfolgten in den Jahren 2003 mit der Einrichtung der inhaltlichen Ausschüsse sowie 2005 mit einer effizienten Personalstruktur, die den Bedürfnissen des mittlerweile von Bonn nach Berlin umgezogenen Verbandes entsprach. Heute vertritt der fzs knapp 1/2 aller Studierenden in Deutschland an über 90 Hochschulen in fast allen Bundesländern.