Der fzs lehnt jegliche Zusammenarbeit, Kontaktaufnahme oder Beantwortung von Anfragen mit der Partei „Alternative für Deutschland” (AfD), ihrer Jugendorganisation „Junge Alternative” (JA) sowie den Junge Alternative Hochschulgruppen oder anderen AfD-parteinahe Hochschulgruppen sowie in diesen Strukturen organisierten Personen ab. Darüber hinaus sieht sich der fzs in der Pflicht, über die Gefahren, die von der AfD ausgehen, insbesondere in der Hochschulpolitik, aufzuklären.
